Au début des années 1960, les scouts de la paroisse Saint-Alexis de Grande-Baie recueillent plus de 1 000 objets anciens au sein de la population. L’exposition qui en résulte connaît un succès inespéré. Pour abriter cette collection naissante, la municipalité de Port-Alfred acquiert de la Fabrique Saint-Alexis la maison personnelle de l’abbé Joseph-Wilbrod Dufour, natif de Grande-Baie et chanoine titulaire de la cathédrale de Chicoutimi. C’est là, sur les bords de la baie des Ha! Ha!, que le Musée Monseigneur-Dufour ouvre ses portes en 1967. Les années suivantes seront occupées par la tenue d’expositions, la production de programmes éducatifs et la classification de la collection.
En 1983, le Musée entre dans une nouvelle phase de son existence et devient le Musée du Fjord. Il emménage dans le Centre communautaire Saint-Alexis, où il compte sur des équipements professionnels et un personnel permanent.
En juillet 1996, la nature se déchaîne. Les inondations qui frappent le Saguenay ravagent le quartier du secteur Grande-Baie. Le Musée subit de lourds dommages et son équipement est ruiné. Il doit fermer ses portes.
Ce qui avait toutes les apparences d’un désastre se transforme en occasion de se réinventer. Le Musée renaît grâce à l’appui financier massif de sa communauté et de nombreux partenaires. En 2004, il rouvre ses portes dans un édifice rénové et agrandi, doté d’un équipement de pointe, où se décline une mission recentrée sur le patrimoine scientifique, historique et artistique.
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Projet de repositionnement du Musée
Le Musée réalise un vaste projet de repositionnement de son offre culturelle et touristique, amorcé en octobre 2010 et complété en 2012, afin de doter la région du Saguenay–Lac-Saint-Jean d’une attraction touristique de calibre international répondant aux exigences élevées d’un public ayant voyagé partout dans le monde.
Des investissements de plus de 4 millions de dollars ont été octroyés par les gouvernements du Canada et du Québec, par Promotion Saguenay, par Bell, par Hatem + D, par Rio Tinto Alcan, par les Caisses Desjardins de La Baie et par plusieurs autres partenaires. Ainsi, en plus de réaménager ses aires d’accueil et sa boutique, le Musée offre deux nouvelles expositions permanentes, une présentation multimédia et un espace de découverte permanent sur les insectes.