Les inondations des régions plus basses de la rivière Rouge ont toujours été associées à la fonte des neiges. Bien que la neige représente seulement 17 % des précipitations totales annuelles au Manitoba, c'est elle qui, jumelée à d'autres facteurs, a été la principale cause des débordements de la rivière Rouge.
L'orientation inhabituelle de l'écoulement de la rivière Rouge du sud vers le nord, est un autre facteur pouvant contribuer aux inondations. En effet, l'amont de la rivière, situé au sud, dégèle avant que la portion en aval, située au Manitoba, soit libre de glace. Ce phénomène crée des embâcles, bloquant le passage de l'eau et augmentant les crues.

La topographie de la région compte parmi les facteurs qui contribuent aux inondations du bassin de la rivière Rouge. Le relief très plat de entraîne un écoulement très lent des eaux et limite la formation de grands réservoirs d'eau naturels. Ainsi, même s'il est possible d'y construire de petits barrages, on ne peut y aménager de grands réservoirs pour retenir les eaux des crues. Aussi, lorsque le niveau d'eau monte, rien ne peut retenir la rivière Rouge. La vallée entière est une plaine inondable. L'eau peut y demeurer pendant des jours, voire des semaines avant de se retirer.

En général, dans le bassin de la rivière Rouge, le climat sec de l'hiver et les faibles précipitations ne créent pas de conditions propices aux inondations. Normalement, 75 % des 50 centimètres de précipitations annuelles qui tombent dans le bassin surviennent entre avril et septembre. Plus spécifiquement, ce sont les mois de mai, juin et juillet qui sont généralement les plus pluvieux. La période de novembre à février s’avère plus sèche, les précipitations mensuelles moyennes atteignant seulement 1,3 centimètre.

Parce qu’il se situe dans une zone caractérisée par un climat continental subhumide à humide, le bassin de la rivière Rouge connaît des étés modérément chauds, des hivers froids et des changements rapides de conditions météorologiques d'une journée à l'autre. Les variations extrêmes de température sont donc fréquentes. Les températures mensuelles moyennes dans le bassin de la rivière Rouge varient entre -15 °C et 20 °C.
Les grandes crues surviennent lorsque l'automne précédent est marqué par de fortes précipitations et des gelées importantes en profondeur suivies de chutes de neige abondantes pendant l'hiver. La crue est d'autant plus problématique si le dégel est soudain et accompagné de fortes pluies ou de neige fondante durant la débâcle printanière.