À la fin du mois d'avril, la rivière Rouge forme un immense lac qui se déplace lentement sur la plaine légèrement inclinée et qui détruit tout sur son passage.

L'inondation causée par le débordement de la rivière Rouge en 1997 a été une véritable mise à l'épreuve du système de protection contre les inondations dans toute la vallée. Cette inondation a été l'une des plus grandes catastrophes à survenir au Canada.

La rivière Rouge commence à sortir de son lit le 30 mars 1997. Le 22 avril, soit cinq jours avant que la crête d'eau n'atteigne la ville d'Emerson, première localité canadienne sur son trajet, le gouvernement du Manitoba décrète l'état d'urgence. Les jours suivants, plus de 20 000 personnes de 19 localités urbaines et rurales ainsi que 7 000 résidants du sud de Winnipeg reçoivent l'ordre d'évacuer leur demeure. Au plus fort de la crue, la rivière Rouge atteint 7,49 mètres au centre-ville de Winnipeg, soit seulement 0,6 mètre sous le niveau des digues.

Les digues circulaires érigées autour des villes au sud de Winnipeg doivent être surélevées pour assurer la sécurité des communautés. La plupart de ces municipalités seront donc épargnées. Plusieurs personnes habitant ces villes devront tout de même être évacuées étant donné l'envahissement du réseau routier avoisinant par les eaux. Ces villes ressembleront même, à un certain moment, à des îles au milieu d'un océan.

Le 30 avril 1997, une brèche dans la digue entourant la municipalité de Sainte-Agathe entraîne son inondation par 2 mètres d'eau en 45 minutes.
La crue de 1997 est la plus forte jamais enregistrée au cours du siècle. La rivière Rouge s'est élevée de 12 mètres au-dessus de son niveau hivernal. Le canal de dérivation a été en opération du 21 avril au 3 juin 1997. Au plus fort de la crue, soit le 4 mai, un débit de 1 950 mètres cubes par seconde est enregistré à l'entrée du canal, dépassant le débit record antérieur de 1 560 mètres cubes par seconde observé le 9 mai 1979. Conçu pour maîtriser un débit de 1 800 mètres cubes par seconde et ayant une capacité maximale de 3 000 mètres cubes par seconde, le canal de dérivation a prouvé son efficacité. Il a été mis à l'épreuve comme jamais auparavant. Si, malgré la grande quantité d'eau évacuée par le canal de dérivation rejoignant le canal original de la rivière Rouge à Lockport, au nord de Winnipeg, la rivière ne déborde pas de son lit, c'est qu'à cet endroit, la rivière a creusé une vallée suffisamment profonde pour contenir les eaux.